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세금계산서는 일반과세자로 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급시 발행하는 것으로 세금계산서에는 공급하는 사업자의 등록번호, 상호, 성명, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성년월일 등이 기재되어야 합니다.
현재는 2매를 발행하여 공급받는 사업자에게 1매를 교부하고 나머지 1매는 공급하는 사업자가 보관하는 것입니다. 예를들어 (주)청해진이 (주)장보고에 물건을 판매하였다면 "공급자"인 (주)청해진은 세금계산서 2매를 작성하여 그 중 청색으로 된 1매를 "공급받는자"인 (주)장보고에 교부하고, 나머지 적색으로 된 1매는 자기가 보관하는 것입니다.
부가가치세 납부세액을 계산할 때 공제해 주는 부가가치세 매입세액은 반드시 세금계산서를 교부받은 거래에 한해 공제해 주므로, 세금계산서는 부가가치세 매입세액공제의 중요한 증빙으로 볼수 있습니다.
세금계산서는 1994년 6월 30일까지는 합계 4매를 한꺼번에 발행 했었습니다. 그 중 적색으로 된 세금계산서 2매는 공급자가 보관하고, 청색으로 된 세금계산서 2매는 공급받는 자에게 교부하였습니다. 공급자와 공급받는 자는 각기 보관 중인 2매 중에서 1매는 사업자 자신이 보관하고, 나머지 각 1매씩은 부가가치세 신고시에 세무서에 제출하도록 되어 있었지요. 국세청은 매출자와 매입자로부터 각각 제출된 세금계산서를 전산처리하여 상호 부합 여부를 사후 검증함으로써, 세금계산서의 성실한 발행과 교부를 유도하였습니다.
그후 1994년 7월 1일부터 동년 12월 31일까지의 기간 동안은 적색의 공급자 보관용 1매, 그리고 청색의 공급받는 자 보관용 1매와 공급받는 자 제출용 1매, 합계 3매를 발행하여 그 중 공급받는 자용 2매를 공급받는 자에게 교부하였습니다. 즉, 세금계산서 발행매수가 4매에서 3매로 1매 줄었으며, 공급받은 자만 자기가 교부받은 매입세금계산서를 세무서에 제출한것입니다. 공급자는 세금계산서를 세무서에 제출하는 대신 발행 교부한 세금계산서를 거래처별로 집계한 매출처별 세금계산서 합계표를 제출한 것입니다.
또 그 이후에 1995년 1월 1일부터 부가가치세법이 다시 개정됨으로써 세금계산서는 적색의 공급자 보관용 1매와 청색의 공급받는 자 보관용 1매, 합계 2매를 발행하여 공급받는 자에게 1매만 교부하면 되도록 개정하였습니다. 이로 인하여 공급자와 공급받는 자는 세금계산서를 세무서에 제출하는 대신 부가가치세 신고대상 기간(3개월) 동안 교부했거나 교부받은 세금계산서를 거래처별로 집계한 매출처별 세금계산서 합계표와 매입처별 세금계산서 합계표를 제출하게 된것입니다.
이처럼 국세청에서는 과거에 세금계산서를 일일이 입력시켜 상호 대조하던 방법을 바꿔서, 거래처별 세금계산서 합계표를 입력시켜 제출된 내역의 적정성을 확인하는 것입니다. 어쨌든 세금계산서 4매를 발행하기 위하여 볼펜에 힘을 주고 쓰던 수고는 이제 하지 않아도 좋게 되었으며, 국가적으로도 엄청난 종이를 절감할 수 있게 되었고, 국세청 입장에서도 모든 세금계산서를 입력시키기 위한 노력을 일부 절감할 수 있게 된 것입니다.
세금계산서는 부가가치세 제도의 핵심사항이며, 운영 전반에 있어서 가장 중요한 증빙이므로 그 기재요령에 대하여 다음과 같이 구체적으로 정해져 있습니다.
1) 숫자는 아라비아숫자로, 문자는 한글로 기재한다.
2) "공급자"란은 세금계산서에 미리 인쇄하여 사용하거나 고무인으로 날인해야 한다.
3) "공급받는 자의 등록번호" 란에는 공급받는 자의 등록번호를 기재하되, 공급받는 자가 면세사업자인 경우에는 소득세법 또는 법인세법의 규정에 의한 등록번호 또는 고유번호를 기재한다. 
4) "공급자 및 공급받는 자의 업태.종목" 란에는 공급자 및 공급받는 자의 사업자등록증에 기재된 업태.종목이 여러 가지가 있을 경우에는 그 중에서 당해 공급거래 품목에 해당하는 업태와 종목을 기재한다. 단, 2가지 이상의 업태와 종목을 동시에 거래하는 경우에는 공급가액이 가장 큰 품목에 해당하는 업태와 종목을 기재하되 "ㅇㅇ 외" 라고 기재한다. 
5) "작성년월일" 란에는 세금계산서를 실제로 작성하는 일자를 기재한다. 단, 세금계산서를 거래가 발생할때마다 작성하지 않고 일정 기간의 거래를 합한 세금계산서를 교부하는 경우에는, 거래월의 말일자나 관행상 정해진 기간의 최종 일자를 기재한다. 예를들어 매월 1일부터 말일까지의 거래를 합산하는 경우에는 매월 말일을 작성년월일로 작성 하며, 매월1일부터 10일까지, 11일부터 20일까지, 21일부터 말일까지와 같이 한달에 3번 마감을 하는 경우에는 각 기간의 최종일자인 해당 월의 10일, 20일, 말일을 각각 작성년월일로 한다는 의미이다.
6) "공급가액" 란에는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 거래상대방으로부터 받는 가액(부가가치세를 제외한 금액)인 과세표준을 기재한다. "공란수"에는 공급가액으로 기재한 금액 앞에 남아 있는 빈칸 수를 기재한다.
7) "세액" 란에는 재화 또는 용역의 공급가액에 세율을 적용하여 산출한 부가가치세액을 기재한다. 영세율이 적용되는 거래의 경우에는 "영세율"이라 기재한다.
8) 만일 재화나 용역을 공급받는 자가 사업자가 아닌 일반소비자인 경우에는 "공급받는 자"란에 주소와 성명을 기재하고 "비고"란에 그 사람의 주민등록번호를 기재한다. 만약 상대방이 비사업자인 외국인인 경우에는 "공급받는 자"란에 당해 외국인의 성명괴 거주지를 기재하고 "비고"란에 국적과 여권번호를 기재한다. 
9) "품목" 란에는 공급가액이 가장 큰 품목순으로 기재한다. 품목을 기재할 수 있는 칸의 수가 4칸밖에 되지 않으므로 만약 거래품목이 4가지를 초과할 경우에는, 마지막 줄의 "품목"란에 "ㅇㅇ 외 ㅇ 종"으로 기재하고 공급가액 및 세액란은 별도로 기재하지 못한 품목들을 합계하여 기재하며, 규격 . 수량 . 단가는 기재하지 않는다. 월합계 세금계산서 또는 일정 기간을 합계한 세금계산서의 경우에는 첫째 줄의 "품목"란에 "주요품목 외 ㅇ 종"(예 ㅇㅇ 외 ㅇ 종)으로 기재한다. 공급가액과 세액란은 전체를 합계한 금액으로 기재하며, 규격. 수량. 단가는 기재하지 않는다. 이때 월합계 세금계산서의 경우에는 "비고"란에 "합계"라고 기재한다.
10) "이 금액을 영수(청구)함" 란에는 현금 판매시에 "청구"를 두줄로 삭제하거나 동그라미 표시를 하여 "영수"을 남겨 두어 세금계산서가 영수증(입금표)으로서의 역할을 하도록 하며, 외상 판매시에는 "영수"를 두 줄로 삭제하거나 동그라미 표시를 하여 "청구"를 남겨 둠으로써 청구서의 역할을 하도록 한다.
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